Протоиерей Александр Мень был убит утром 9 сентября 1990 года на тропинке к железнодорожной станции «Семхоз». Неизвестный ударил его тяжелым предметом (вероятно, топором) по голове. Священник дошел до своего дома, рядом с которым умер от потери крови.  Предполагаемый убийца -  пьяница и уголовник, якобы просто спутал о. Александра с другим человеком, тем более, что священник был одет в гражданские одежды.

Секретарь митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия игумен Лазарь (Солнышко) был убит  26 декабря 1990 года в Москве. Обстоятельства убийства были загадочными, однако вскоре удалось задержать сотрудника ОВЦС МП Михаила Потемкина (ставшего позднее «епископом» одного из ответвлений РИПЦ под именем Мануила (Платова). Тогда он просидел в Бутырском следственном изоляторе почти два года. Следствие так и не кончилось судом.

Настоятель храма Рождества Христова в Путинках игумен  Серафим (Шлыков) был убит 2 февраля 1991 года. Труп священнослужителя был обнаружен в квартире на. Похищены деньги, радио  и видеоаппаратура.

Три монаха Оптиной пустыни – иеромонах Василий, инок Трофим и инок Ферапонт – убиты 18 апреля 1993 г., на Светлое Воскресение Христово, в Оптиной пустыни. Преступник Николай Аверин оказался дьяволопоклонником, который рассказал следствию, что получил «приказ от дьявола».

Настоятель храма Рождества Богородицы села Жарки (Ивановская область) иеромонах Нестор (Савчук)  был зверски убит в ночь с 30 на 31 декабря 1993 года в келье настоятельского дома. Иеромонах Нестор был найден лежащим лицом вниз в луже крови, распростёртый у распятия  Иисуса Христа без признаков жизни. Тело его было полностью обескровлено. После убийства пропала крупная сумма денег из дипломата иеромонаха, которая была пожертвована ему в этот день предпринимателями на строительно-ремонтные работы в храме. Юрьевецкий районный суд приговорил виновного в убийстве к четырем годам лишения свободы. Суд счел, что убийца был не вполне вменяем.

Священник Анатолий Чистоусов, настоятель Михаило-Архангельского храма в г. Грозный, до рукоположения – офицер Российской армии, был убит 14 февраля 1996 года в чеченском плену. Вплоть до похищения чеченцами, не взирая на то, что храм оказался в эпицентре боевых действий (находится недалеко от бывшего дворца Дудаева), не прекращал окормления паствы, регулярно совершал богослужения. В новогоднюю ночь 1995 года был насильно привезен бандитами на грозненский ж.д. вокзал, где ему приказали обратиться к держащим оборону российским солдатам с требованием сдаться. В ответ на это отец Анатолий благословил солдат на ратное дело.

Настоятель храма во имя святой преподобномученицы Елисаветы при городской больнице №3 в Санкт-Петербурге протоиерей Александр Жарков был убит  в 1997 году. Тело было найдено 14 сентября в окрестностях города Пушкина. Предполагается, что священник стал жертвой «похоронной мафии» — банды, в которую входили сотрудники, в основном санитары, петербургских моргов. Глава преступной группировки Валерий Бурыкин был задержан в ноябре 2007 года на австро-венгерской границе. В сентябре 2008 года Бурыкин был экстрадирован властями Венгрии в Россию по требованию Генпрокуратуры РФ.

Священник Георгий Зяблицев, высокопоставленный сотрудник ОВЦС МП, погиб в 1997 году. Он был убит по возвращении из-за границы в собственной квартире после нескольких часов жестоких истязаний. Скончался в результате многочисленных ножевых ранений предположительно 22 или 23 сентября. Отец Георгий отвечал за католический сектор и много путешествовал по казенным делам.

Настоятель Свято-Никольской церкви протоиерей Михаил Сацюк был убит 12 октября 1998 года в Бресте. В тот же день на выезде из города в автомобиле был найден его труп. Следствие пришло к выводу, что причиной убийства был экономический мотив, убийца преследовал цель ограбления.

Старообрядческий священноинок Димитрий (Расстегаев)  зверски убит в январе 1998 года в Ярославской области. Причиной его смерти стала квартира в Ярославле, которую молодой священник собрался продать, уезжая на новый приход в Белую Криницу. Банда квартирных грабителей, обосновавшаяся на Ярославщине под вывеской риэлтерской фирмы «Партнер», убила священнослужителя, расчленила тело и бросила в подпол избы, в которой начала пьяное застолье. Бандитов поймали только через три года.

Протоиерей Петр Сухоносов, настоятель Покровского храма в станице Слепцовская (Ингушетия), был похищен 28 марта 1999 года четырьмя бандитами, напавшими на церковь, в которой он служил более 40 лет. Погиб в плену.

Протоиерей Борис Пономарев был убит 16 июля 1999 года в деревне Ильинская Слобода Московской области. Убийство милиция раскрыла довольно быстро. Как оказалось, со священником расправились трое рецидивистов. Они были прихожанами его церкви, и протоиерей иногда приглашал их к себе в гости. Преступники приметили в его доме несколько старинных икон и решили ограбить священника. Ночью они ворвались к Пономареву, связали его жену и родственницу, а самого протоиерея убили.

23 августа 2000 года произошло убийство иеромонаха Симеона (Аносова), настоятеля храма Андрея Первозванного в Барнауле (Алтайский край). Убийцей стал бывший водитель иеромонаха Константин Шиленков, ранее неоднократно судимый.

8 января 2001 года совершено убийство иеромонаха Александра (Кулакова) в селе Сабаево (Мордовия). Убийца Алексей Максимов скрывался в Иоанно-Богословском монастыре близ Саранска под именем Алексей Светов. Во время службы в армии он убил сослуживца, а потом, скрываясь от трибунала, совершил еще ряд тяжких преступлений.

Настоятель храма в поселке Тура Красноярского края иеромонах Григорий (Яковлев) зверски убит 21 марта 2001 года в церкви Святой Троицы. Отсеченную голову священника преступник отнес в алтарь и бросил ее на престол.  Подозреваемый заявил, что он якобы кришнаит и совершил это преступление по «приказу Кришны».

13 мая 2001 года в г. Тырныаузе (Кабардино-Балкария) был убит священник Игорь Розин, которому до того неоднократно угрожали местные жители, а за две недели предупредили о готовящемся убийстве. Явившись в храм и уединившись со священником, 23 летний Ибрагим Хапаев нанес отцу Игорю три удара ножом. Позднее суд признал Хапаева невменяемым.

Священник Сергий Цветухин, настоятель Свято-Димитриевской церкви в городе Камышин (Волгоградская область), убит 9 октября 2001 года. Тело 33-летнего священника было обнаружено в его квартире с множественными колото-резаными ранами. По данным следствия, двое местных жителей пришли к священнику в гости. В ходе ссоры они убили хозяина и, сорвав с него крестик и цепочку, скрылись с места преступления. Один из подозреваемых в убийстве был задержан в 2008 году; второй объявлен в розыск. Задержанный признался в содеянном.

Настоятель сельской церкви Тихвинской иконы Божией Матери 85-летний игумен Иона (Ефимов) был убит в Татарстане 14 октября 2002 года. Его тело было найдено утром в палисаднике собственного дома. Преступник ударил священнослужителя тяжелым предметом в висок. Травма оказалась смертельной. Причина убийства — ограбление.

8 августа 2003 года был убит иеромонах Нил (Савленков), настоятель Волдозерской Ильинской пустыни в Карелии. Убийца — 38-летний уроженец Тольятти Андрей Наседкин, ранее судимый.

2 ноября 2003 года произошло убийство иеромонаха Исаии (Яковлева) возле села Раифа (Татарстан) ранее судимым 19-летним местным жителем Дмитрием Новиковым, находившимся в подпитии.

25 декабря 2003 года был убит иеромонах Александр (Тыртышный) в селе Колосовка (Омская область). Ранее судимый 23-летний местный житель Дмитрий Литвинов попросил исповедовать его, но не в церкви, а у себя дома. Иеромонах согласился на просьбу, а когда, придя в дом, отец Александр облачился в рясу, убийца напал на него с ножом.

Архимандрит Герман (Хапугин), настоятель Давидовой пустыни, убит 26 июля 2005 года  в Подмосковье. Его тело было обнаружено  в келье.  У священника были связаны руки. Кроме того, у него были обнаружены черепно-мозговые травмы. Вещи в келье были разбросаны, а сейф, находившийся там же, был вскрыт.

В селе Прямухино Тверской области при пожаре погибли в собственном доме православный священник, трое его детей и жена Ксения. Священник Андрей Николаев сгорел с семьей в ночь на 2 декабря 2006 года. Дом был облит бензином и подожжен. За несколько месяцев до этого священник обращался в милицию и просил помощи и защиты. Отец Андрей Николаев каждую ночь с ружьем в руках охранял церковь от местных воров. Местные жители разворовывали церковь, чтобы купить спиртное. Незадолго до этого дом священника уже был сожжен.

В Алапаевском районе Свердловской области в ночь на Рождество с 6 на 7 января 2007 года убит настоятель местного храма Петра и Павла иерей Олег Ступичкин. Тело священника было обнаружено в храме после пожара. Из храма были похищены более 20 икон. Преступление раскрыто по «горячим следам». Задержаны двое подозреваемых. Это местные жители, безработные, ранее неоднократно судимые. У погибшего священника остались жена и четверо детей.

В селе Посевное Новосибирской области рано утром 12 февраля 2007 года неизвестные подожгли дом настоятеля храма во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона, священника Дмитрия Асташенко. Дом загорелся в считанные секунды, и священник, разбив окно, выбросил в снег четырех малолетних детей (старшим девочкам было 4,5 и 2,5 годика, младшим мальчикам — 1 год 8 месяцев и 8 месяцев), а затем выбрался через него сам с супругой. Дом сгорел полностью. Все члены семьи были раздеты, из за сильного переохлаждения  заболели. У отца Димитрия, ко всему прочему, отморожены пальцы ног, так как ему пришлось бежать босиком по снегу. Священник предполагает, что это был поджог, поскольку за домом со стороны огорода на снегу остались следы неизвестных людей.

4 марта 2007 года было совершено нападение на настоятеля Никольского храма г. Воронежа священника Петра Петрова. Неизвестный нанес священнику несколько ножевых ранений в подбородок и шею. Отец Петр был госпитализирован. Нападавшего, жителя Центрального района Воронежа, 1987 года рождения, задержали очевидцы. По данным ГУВД области, это психически больной человек.

9 июня 2007 года в Зеленограде перед началом литургии на иерея Павла Ходзинского с ножом напал душевнобольной мужчина. Нападавший (38-летний местный житель, состоящий на учете в психоневрологическом диспансере) подбежал к священнику, когда он стоял на ступенях храма святителя Филарета и перочинным ножом  успел нанести священнослужителю несколько касательных порезов руки, после чего был задержан прихожанами и передан милиции. Потерпевшему медицинская помощь была оказана на месте происшествия, и от госпитализации он отказался.

В ночь на 22 августа 2007 года в городе Фурманове Ивановской области  в собственном доме был убит настоятель прихода Вознесения Господня  игумен Авенир (Смолин). 24 августа один из убийц был задержан. Преступление было совершено с целью ограбления.

Священник Василий Смоляк был убит в городе Бельцы (Молдавия) 19 ноября 2007 года. 85-летний священнослужитель был обнаружен с перерезанным горлом в собственном доме. По словам очевидцев, убийца, увидев приближающуюся дочь священника, скрылся. Кинолог с собакой пошел по следу, который оборвался у реки Рэут, однако вскоре бельцкие полицейские задержали убийцу на одном из железнодорожных вокзалов. Им оказался 29-летний Руслан Никорич, который до этого отсидел шесть лет за хищение. В марте 2008 года он был приговорен судом первой инстанции к 22 годам заключения за убийство с особой жестокостью. Судья счел необоснованными данные следствия о том, что Никорич намеревался ограбить священника, и пришел к заключению, что мотивом убийства стала месть. Священник Василий Смоляк служил Церкви на протяжении 55 лет. Последние десять лет он находился на заслуженном отдыхе.

7 февраля 2008 года священник Анатолий Нагорный, возвращался домой с вечерней службы с храма Святителя Митрофана Воронежского, когда неизвестный напал на него с ножом. Преступник ударил священника сзади в шею и скрылся. Попытки ограбления он не предпринял. Священник  самостоятельно вернулся в церковь на Хуторской улице, откуда вызвал милицию и врачей. С обильным кровотечением его  госпитализировали в НИИ скорой помощи им. Н. В. Склифосовского.

В ночь с 25 на 26 февраля 2008 года в селе Белосток на Волыни топором зарублен настоятель местного храма игумен Илия (Хамаза). 28 марта ему исполнилось бы 30 лет.

9 марта 2008 года был убит настоятель прихода во имя Державной иконы Божией Матери в Белореченске Краснодарского края протоиерей Алексей Горин. По подозрению в совершении этого преступления задержан старший сын Горина. По версии следствия, он в состоянии аффекта нанес отцу несколько ранений, одно из которых оказалось смертельным.

В ночь со 2 на 3 января 2009 года двое молодых людей, одному из которых 15 лет, другому 21 год, избили 50-летнего иеромонаха Ефрема (Гаценко), который отказался дать им денег или алкоголя. Инцидент произошел в скиту в деревне Волобуевка Курской области. Утром водитель обнаружил уже мертвого священнослужителя. До этого злоумышленники избили послушника местного скита, который также отказал им в их требовании. В результате послушник попал в реанимацию. Обвиняемые задержаны, сознались в преступлениях и находятся в рыльском СИЗО.

24 августа 2009 года на епископа Могилевского и Мстиславского Софрония напали в кафедральном Трехсвятительском соборе в Могилеве (Беларусь). Перед началом богослужения к владыке подошел мужчина, достал нож и нанес удар в область живота, а также повредил вены на руке, которой епископ успел закрыться от второго удара. Епископ Софроний был немедленно доставлен в ближайшую больницу и прооперирован. Нападавшего задержали прихожане и по прибытии наряда милиции передали в руки представителей правоохранительных органов. Позже выяснилось, что злоумышленник состоит на учете в Могилевской областной психиатрической больнице. В отношении нападавшего возбуждено уголовное дело по ст. 147 УК РБ («Умышленное причинение тяжкого телесного повреждения»).

Вечером 19 ноября 2009 года в возрасте 35-ти лет был убит в православном храме святого Фомы на юге Москвы выстрелом в грудь и в голову священник Даниил Сысоев. Владимир Стрельбицкий, его помощник, 41 год, получил огнестрельное ранение в грудь. Отец Даниил писал об угрозах в своем интернет-дневнике: «Сейчас уже не боюсь. Отбоялся я уже лет пять назад. А сейчас просто привык жить под постоянной угрозой. Мне ведь и органы об этой же исламской угрозе сообщали, а не только сами мусульмане. А так все в руках Бога. А если что, так сразу в рай и без мытарств. — Это же здорово!».

5 декабря 2009 года в Москве совершено нападение на священника Виталия Зубкова – клирика храма апостола Фомы на Кантемировской (настоятелем которого был убиенный священник Даниил Сысоев), известный миссионер, индолог, автор ряда публикаций о миссии в Индии, участник нескольких миссионерских поездок в Индию. Как рассказал о. Виталий, нападение было совершено, когда он шел в храм на всенощную, нападавших было трое, они подбежали и начали избивать священника. «Я шел, думал, молился и тут удар, я ничего даже не понял», – рассказал отец Виталий. Он упал, его продолжали бить, сколько это длилось священник не знает. Били сначала по ногам, потом по голове.

Вечером 22 декабря 2009 года из хулиганских побуждений был убит настоятель Вознесенской церкви села Сатино-Русское Московской области протоиерей Александр Филиппов. Преступники застрелили священника после того, как он им сделал замечание за то, что они справляли естественные надобности в подъезде.

24 апреля 2010 года в селе Янтиково Чувашии рядом с церковью было обнаружено тело 46-летнего священника протоиерея Анатолия Сорокина. Он был убит выстрелом в спину. СКП по Чувашии возбудил уголовное дело по ч. 1 ст. 105 Уголовного кодекса (убийство). Через два дня оперативникам удалось установить и задержать подозреваемого. Им оказался 47-летний житель деревни Сугайкасы. Предполагаемый убийца священника состоит на учете у психиатра и находится на инвалидности по психическому заболеванию. Десять лет назад подозреваемый решением Канашского районного суда был признан недееспособным.

5 мая 2010 года в Чебоксарах было обнаружено тело с ножевыми ранениями. Погибший – настоятель храма Архангела Михаила в селе Артеменкино иеромонах Вадим (Смирнов). Подозреваемый задержан. Ведется следствие.

Игумен Виссарион (Глазистов) был убит в собственном доме в с. Кадышево Ульяновской области ночью 17 января 2011 года. Игумен Виссарион (в миру иерей Василий) – восстанавливал храмы, служил в с. Волчино (Псковской обл.), однако из-за ограбления и угроз, покинул это место и вернулся в родное село, восстановил храм в нем и в соседнем селе. Взял на перевоспитание алкоголика, а тот ответил ему убийством. Напившись, избил до смерти и заснул в доме убитого, где и был пойман.

Протоиерей Павел Адельгейм убит 5 августа 2013 года в Пскове. Священника зарезал 27-летний гость из Москвы, прибывший к Адельгейму по рекомендации некоей женщины и три дня проживший у него в доме. Гость, страдающий душевной болезнью, убил священника во время разговора на кухне, ударив его ножом в живот. После этого убийца попытался покончить с собой, нанеся себе два удара ножом. Сейчас он госпитализирован, ему делают операцию.